Смъртта на Морисън настъпи в Париж, Франция, където той живееше с партньорката си Памела Курссън. На 2 юли 1971 г. Морисън е намерен в безсъзнание във ваната на апартамента си от Курсън. Тя се обади за помощ и Морисън беше откаран по спешност в болницата, където беше обявен за мъртъв при пристигането.
Точните обстоятелства, довели до смъртта на Морисън, никога не са били напълно изяснени. Някои източници твърдят, че той е починал от свръхдоза наркотици, докато други предполагат, че може да е претърпял инфаркт или комбинация от фактори. Докладът от аутопсията показва, че Морисън е употребил голямо количество алкохол и хероин преди смъртта си.
Теориите за смъртта на Морисън продължават да циркулират и до днес и това остава една от най-трайните мистерии в историята на рок музиката. Преждевременната кончина на Морисън на толкова млада възраст добави към неговия емблематичен статус и го превърна в символ на ексцесиите и трагедиите, които често съпътстват света на рокендрола.