* Двойствеността на човешката природа: Това е най-важната тема. Романът изследва присъщия конфликт между доброто и злото във всеки индивид. Джекил представлява достойната за уважение, добронамерена страна на човешката природа, докато Хайд въплъщава тъмните, първични пориви, които се крият под повърхността.
* Опасностите от потискането на истинската природа: Като се опитва да потисне по-тъмните си импулси, Джекил в крайна сметка ги отприщва под формата на Хайд. Историята предполага, че отричането или потискането на части от себе си може да бъде разрушително.
* Силата на науката и нейният потенциал за злоупотреба: Експериментите на Джекил с превръщането му в Хайд представляват високомерието на науката, идеята, че човешките същества могат да си играят на Бог и да се подправят с природата. Историята предупреждава срещу неконтролирания стремеж към знание и неговите потенциално вредни последици.
* Последствията от греха и изкуплението: Действията на Хайд представляват последствията от отдаването на зли желания. Историята също така изследва възможността за изкупление, тъй като Джекил се опитва да изкупи действията си и в крайна сметка се изправя пред последствията от своя избор.
* Естеството на идентичността: Трансформацията на Джекил в Хайд повдига въпроси за природата на идентичността. Идентичността фиксирана ли е или подвижна? Може ли човек наистина да се отдели от по-тъмните аспекти на своята личност?
* Социално лицемерие и викториански морал: Романът критикува твърдия морален кодекс на викторианското общество и лицемерието, което често стои в основата му. Трансформацията на Джекил в Хайд разкрива тъмните подводни течения, които съществуват под повърхността на привидно уважаваното общество.
Това са само някои от основните теми, разгледани в "Д-р Джекил и мистър Хайд". Романът продължава да резонира с читателите, защото се задълбочава във вечни въпроси за човешката природа, морал и сложната връзка между доброто и злото.