1. Прекомерно опростяване на сложни исторически въпроси :Някои историци твърдят, че документалният филм представя определени сложни исторически събития по опростен или дори романтичен начин, без да изследва напълно техните нюанси и сложност. Например изобразяването на войната като директен морален конфликт между героичния Север и подлия Юг беше оспорено от някои като пренебрегване на фактори като държавни права и икономически интереси, които повлияха и на двете страни.
2. Липса на различни гледни точки :Критиците посочиха, че документалният филм се фокусира предимно върху преживяванията на белите индивиди и лидери, като обръща по-малко внимание на опита и приноса на афро-американците, жените, индианците и други маргинализирани групи по време на войната. Някои историци твърдят, че един по-всеобхватен разказ би могъл да осигури по-богато и по-всеобхватно разбиране на конфликта.
3. Недостатъчна контекстуализация :Въпреки че документалният филм предоставя подробен разказ за военните събития, някои историци смятат, че е могъл да предостави повече контекст относно социалните, политическите и икономическите сили, довели до войната. Те твърдяха, че зрителите биха могли да разберат по-задълбочено причините за конфликта, ако тези по-широки исторически фактори бяха изследвани по-задълбочено.
4. Липса на внимание към класовите разделения :Някои критици смятат, че документалният филм не разглежда адекватно класовите разделения и неравенствата както в северните, така и в южните общества. Те твърдяха, че подчертаването на тези различия би могло да предостави по-нюансиран анализ на социалната динамика по време на военния период.
5. Ограничено обсъждане на последиците от войната :Въпреки че документалният филм обхваща основните събития от Гражданската война, той обръща относително по-малко внимание на епохата на Реконструкцията и нейното въздействие върху последващото развитие на Съединените щати. Някои историци твърдят, че по-задълбочено изследване на този период би могло да хвърли светлина върху трайното наследство от войната.
Струва си да се отбележи, че тези критики представляват само ограничена перспектива и много други историци и учени похвалиха „Гражданската война“ за приноса й към историческото разбиране, разказването на истории и обществената ангажираност. Документалният филм остава един от най-влиятелните и високо ценени исторически документални филми, създавани някога.