Историята започва с това, че Бен получава представа под формата на винтидж медальон с криптично послание. Това го води на приключение за тротоинг в цяла Европа, където той трябва да дешифрира исторически артефакти и да намери ключа към скрития трезор на масоните.
По пътя той се присъединява от партньора си Райли Пул и баща му Патрик Гейтс, който неохотно се забърква в търсенето. Те се сблъскват с постоянно противопоставяне на Иън Хоу, съпернически ловец на съкровища, който търси същата награда, и хитрост и мистериозен на име Абигейл, която твърди, че има свои причини за търсене на съкровището.
Пътуването ги отвежда до места като Лондон, Париж и Голямата Китайска стена, тъй като разгадаха улики, скрити в исторически документи и забележителности. Филмът включва вълнуваща кулминация, където Бен трябва да се състезава с времето, за да намери съкровището и да изчисти името на баща си.
В крайна сметка „Национално съкровище:Книга на тайните“ е забавно, екшън приключение, което съчетава историческата интрига с хумор и сърце. Той продължава наследството на първия филм, предлагайки завладяваща мистерия, която държи зрителите ангажирани до самия край.