Той е най-известен с дневника, който води между 1660 и 1669 г., сега признат за един от най-важните първични източници за социалната история на Англия от 17-ти век.
Роден със скромен социален статус, но получил класическо образование в колежа Магдалена, Кеймбридж, Пепис се радваше на покровителството на важни роднини и собствените си способности да се издигне в държавната служба.
Той става член на парламента за Castle Rising и Tangier, ковчежник за Tangier, секретар на борда на военноморските сили, секретар на Адмиралтейството, президент на Кралското общество и господар на Trinity House.
Неговият прочут дневник предоставя изобилие от информация за културата и обществото на неговото време, включително разкази на очевидци на някои от основните събития от периода, включително Големия пожар в Лондон.
Кариерата на Пепис също отразява връзките му с Реставрационния съд и политическите битки, които се водят през този период.
След 1669 г. той не може да продължи да води дневника си поради влошено зрение.
Той също така е изправен пред обществена критика и е отстранен от длъжност през 1679 г. по фалшиво обвинение, че е католически симпатизант.
По-късно той беше оневинен и отново служи като секретар на Адмиралтейството от 1684 до 1689 г., помагайки за осигуряването на флота за Уилям Орански по време на Славната революция.
Пепис умира през 1703 г., оставяйки библиотеката и ръкописите си на колежа Магдалена, Кеймбридж, където се намират и днес.
Неговият дневник е преписван, редактиран и публикуван в много издания и продължава да бъде изучаван и възхитен заради неговата историческа и литературна стойност.