Основни антагонисти:
* Магнито: Най-емблематичният злодей от X-Men, Магнито е мощен мутант със способността да манипулира магнетизма. Той вярва, че мутантите са по-добри от хората и трябва да управляват света, често се сблъскват с мечтата на Професор X за мирно съвместно съществуване.
* Апокалипсис: Мощен, древен мутант със способността да абсорбира силата на другите, Апокалипсис се стреми да пречисти света и да създаде нов ред със себе си като негов владетел.
* Саблезъб: Див и брутален мутант с подобрени сетива, свръхчовешка сила и регенеративни способности, Sabertooth е безмилостен хищник и заклет враг на Wolverine.
* Mystique: Майстор на преобразуването и измамата, Мистик е умел шпионин и убиец, който често действа в сенките. Тя има сложни отношения с X-Men, понякога действайки като съюзник, а друг път като безмилостен враг.
* Братството на мутантите: Група мутанти, водени от Магнито, който вярва, че хората са враг и мутантите трябва да управляват. Тази група включва многобройни членове през годините, включително Toad, Pyro и Blob.
Други известни противници:
* г-н Зловещ: Брилянтен, но безмилостен генетик, обсебен от манипулирането на еволюцията на мутантите.
* The Juggernaut: Неудържима природна сила с огромна сила и неуязвимост.
* The Sentinels: Мощни роботи, предназначени да ловуват и унищожават мутанти.
* The Hellfire Club: Изключителна и могъща организация, която се стреми да контролира мутантните сили за собствените си цели.
* Уилям Страйкър: Военен лидер, който вярва, че мутантите са заплаха за човечеството и се стреми да ги елиминира.
Организации:
* AIM (Advanced Idea Mechanics): Научна организация, която често се занимава с опасни технологии и се е сблъсквала с X-Men на няколко пъти.
* Хидра: Глобална терористична организация с история на опити да контролира мутантните сили.
* Пречиствателите: Фанатична група хора, които вярват, че мутантите са чума по света.
Важно е да се отбележи, че X-Men са се изправяли срещу много други противници през дългата си история, но това са едни от най-забележителните и повтарящи се врагове. Враговете на X-Men отразяват сложните теми за предразсъдъците, страха и борбата за равенство, които са вплетени в целия франчайз.