Фаготът е дървен духов инструмент с двойна тръстика, докато флейтата е дървен духов инструмент, на който се издухва въздух през дупка. Ембушюрът (разположението на устните) и въздушната струя, необходими за свиренето на фагот, са доста различни от тези, необходими за свиренето на флейта, така че да се научите да свирите на фагот няма да бъде по-лесно за някой, който вече се е научил да свири на флейта. Всъщност може дори да е по-трудно, тъй като фаготът обикновено се смята за по-предизвикателен инструмент за научаване от флейтата.