Моцарт и Шиканедер си сътрудничат тясно при създаването на операта. Първоначално те замислят творбата като приказна опера, но с течение на времето тя се превърна в по-сериозна и сложна творба, която изследва темите за любовта, приятелството и търсенето на мъдрост и просветление.
Музиката на Моцарт за "Вълшебната флейта" се характеризира със своята красота, разнообразие и емоционална дълбочина. Операта съдържа широка гама от музикални номера, включително арии, дуети, ансамбли и хорове, както и инструментални пасажи, които засилват драмата на историята.
Успехът на „Вълшебната флейта“ гарантира репутацията на Моцарт като един от най-великите композитори на опера. Тя продължава да се изпълнява редовно по света и се счита за един от шедьоврите на оперната литература.