- Оркестрова музика:
- Бранденбургски концерти (1721)
- Оркестрови сюити (1720-1723)
- Концерти за цигулка (1717-1723)
- Музика за клавиатура:
- Добре темперираният клавир (1722, 1744)
- Вариации на Голдбърг (1741)
- Френски сюити (1722-1725)
- Инвенции и симфонии (1723)
- Органна музика:
- Токата и фуга в ре минор (ок. 1703-1707)
- Пасакалия и фуга в до минор (ок. 1708)
- Прелюдия и фуга в Сол мажор (ок. 1730-1735)
- Вокална музика:
- Страстите по Матей (1727)
- Страстите по Св. Йоан (1724)
- Магнификат (1723)
- Коледна оратория (1734-1735)
- Други произведения:
- Das Musikalische Opfer (Музикалното предложение) (1747)
- Изкуството на фугата (ок. 1749-1750)
- Кантати (над 200)
- литургии (6)