По време на романа Джим и приятелите му, включително д-р Ливзи и скуайър Трелони, се впускат в опасно пътуване, за да намерят съкровището преди екипажа на Силвър. Конфликтът се засилва, когато те се сблъскват с различни препятствия, включително бури, коварен терен и конфронтации с пиратите. Крайният сблъсък се случва, когато пиратите се бунтуват и се опитват да завладеят контрола над кораба, което води до кулминационна битка между Джим и неговите съюзници срещу Силвър и хората му.
В основата си конфликтът в „Островът на съкровищата“ е воден от преследването на богатство и алчността, както и от борбата за власт и контрол. Мотивацията и желанията на героите ги противопоставят един на друг, създавайки напрежение и напрежение, докато историята се развива. Освен това конфликтът подчертава темата за доброто срещу злото, тъй като Джим и приятелите му представляват честност и лоялност, докато Силвър и екипажът му въплъщават измама и предателство.