Конституции на Кларендън: Хенри II издава набор от закони, известни като Конституциите на Кларендън през 1164 г. Тези закони се стремят да ограничат властта и привилегиите на църквата в Англия, особено по отношение на назначаването на епископи и юрисдикцията над духовници, обвинени в престъпления. Бекет, като архиепископ на Кентърбъри, се противопостави на конституциите като посегателство върху автономията на Църквата.
Църковен имунитет: Хенри II искаше да установи своя контрол над духовенството и да го постави под юрисдикцията на кралските съдилища. Бекет, от друга страна, вярваше, че духовенството трябва да бъде подчинено само на църковните съдилища, аргументирайки правото на Църквата да управлява собствените си дела.
Назначаване на епископи: Хенри II искаше да има думата при назначаването на епископи, като гарантира, че те са лоялни към него и подкрепят политиката му. Бекет настоя, че изборът на епископи трябва да се основава единствено на религиозни заслуги, без кралска намеса.
Конфликт относно юрисдикция: Конфликтът ескалира, когато чиновник на име Филип дьо Броа е обвинен в престъпление и е предявен както от кралските съдилища, така и от църковния съд. Бекет отказва да предаде чиновника на кралските съдилища с аргумента, че това нарушава юрисдикцията на Църквата.
Несъгласието между Хенри II и Бекет символизира по-широка борба между монархията и църквата за контрол и власт. Кулминацията на конфликта е убийството на Томас Бекет в катедралата в Кентърбъри през 1170 г. от рицари, верни на Хенри II. Убийството на Бекет доведе до значителна обратна реакция и в крайна сметка доведе до отстъпки на Хенри II и потвърждаване на привилегиите и независимостта на Църквата.