- Неговите експериментални методи не винаги са били строги. Понякога той разчиташе на анекдотични доказателства и не винаги контролираше променливите. Това доведе до неправилност на някои от заключенията му.
- Понякога твърде бързо правеше обобщения от своите експерименти. Той често правеше обширни изявления въз основа на ограничен брой наблюдения. Това доведе до прекалено опростяване на някои от неговите теории.
- Той не винаги беше отворен за нови идеи. Понякога се противопоставяше на нови теории, които противоречат на неговите собствени. Това му попречи да направи някои важни открития.
Въпреки тези слабости, Робърт Бойл беше брилянтен учен, който направи значителен принос в науката. Работата му помогна да се положат основите на съвременната химия и физика.