Методи на изследване използват както етнография, така и музикална транскрипция и анализ и включват теренна работа и интервюта с информатори. Някои етномузиколози също изпълняват музиката, която изучават, докато други се фокусират повече върху анализа и интерпретацията.
Теренска работа позволява на етномузиколозите да се потопят в музиката и културата на хората, които изучават, което им позволява да придобият дълбоко разбиране за ролята, която музиката играе в живота им.
Тъй като културите и музикалните практики се променят непрекъснато, етномузиколозите често събират аудио и видео записи, преписват и анализират музикални изпълнения, създават музикални инструменти, композират и аранжират музика и документират резултатите от своите изследвания в книги, статии и други публикации.