Бащата на Бруно е повишен в комендант на Аушвиц и семейството се премества в концентрационния лагер. Бруно е объркан и разстроен от промените в живота му. Той не разбира защо трябва да изостави приятелите и дома си и не разбира какво се случва с хората в концентрационния лагер.
Бруно среща Шмуел.
Един ден Бруно изследва територията на концентрационния лагер, когато вижда младо момче от другата страна на оградата. Момчето е облечено с раирана пижама и изглежда много тъжно. Бруно започва да говори с момчето и те стават приятели. Шмуел разказва на Бруно за живота си в концентрационния лагер и Бруно започва да разбира ужасите на случващото се.
Бруно се промъква в концентрационния лагер.
Един ден Бруно решава да се промъкне в концентрационния лагер, за да посети Шмуел. Облича чифт раирана пижама и се шмугва през оградата. Бруно намира Шмуел и те прекарват деня заедно. Те играят игри, говорят и се смеят. Бруно осъзнава, че дори в най-мрачните времена все още има надежда.
Бруно и Шмуел са убити.
На следващия ден Бруно и Шмуел са заловени от нацистите. Отвеждат ги в стая и им биват смъртоносни инжекции. Бруно и Шмуел умират заедно, а телата им са изгорени в крематориума.
Момчето в раираната пижама е силна и вълнуваща история за Холокоста. Това е история за приятелството, невинността и силата на надеждата.