Кулминацията: X-Men, заедно със своите съюзници, се изправят срещу Себастиан Шоу и неговия екип от злодеи мутанти в последна битка на борда на атомна подводница. Ерик Леншер (Магнето) първоначално търси отмъщение за жестокостите, извършени срещу мутанти, заплашвайки да използва ядрените ракети на подводницата, за да унищожи света.
Повратната точка: Чарлз Ксавие (професор X) се намесва, апелирайки към човечността на Ерик и му напомня, че истинската им цел е да защитят мутантите, а не да унищожат човечеството. Този момент на връзка между двамата приятели обръща хода на битката.
Победата: X-Men, с помощта на Мойра Мактагърт, успяват да обезвредят ракетите и да победят Шоу и неговия екип.
Горчиво-сладкият край: Въпреки че са си осигурили временна победа, филмът завършва с меланхолична нотка:
* Предателството на Ерик: Ерик, въпреки че е повлиян от думите на Чарлз, все още се чувства дълбоко наранен от преследването на мутантите и се отдалечава, за да започне своя собствен път, което предполага потенциален бъдещ конфликт с Чарлз и X-Men.
* Вината на Чарлз: Чарлз остава с разбито сърце от заминаването на Ерик и носи бремето на собствената си вина за трагедията на кубинската ракетна криза, която той несъзнателно помогна да се избегне, но с цената на хиляди животи.
* Започва нова ера: Филмът завършва с формирането на X-Men като екип, посветен на защитата както на хората, така и на мутантите, но с чувство на несигурност за бъдещето и потенциалната заплаха, породена от нарастващото негодувание на Ерик Леншер.
Краят оставя оставащ въпрос: Ще останат ли Ерик и Чарлз на противоположни страни или ще намерят начин да преодолеят различията си? Този въпрос поставя началото на бъдещето на франчайза X-Men.