По време на войната Яхико, Нагато и Конан стават свидетели на ужасите на войната и решават, че един ден ще създадат свят без война и болка. Те създадоха Акацуки, организация, посветена на постигането на мир чрез всички необходими средства.
Първоначално Akatsuki е малка организация, която се фокусира върху подпомагането на малки села и държави, които са били засегнати от войната. Въпреки това, с нарастването на силата и влиянието на организацията, тя започва да привлича вниманието на по-големите села на шиноби. Селата започнаха да виждат Акацуки като заплаха и започнаха да предприемат действия срещу организацията.
В резултат на натиска от селата, Акацуки започна да се променя. Тя стана по-милитаризирана и започна да се фокусира върху получаването на власт, а не върху постигането на мир. Организацията започва да вербува престъпници от ранг S и става все по-безмилостна в методите си.
В крайна сметка Акацуки беше победен от Наруто Узумаки и неговите приятели и членовете му бяха разпръснати по целия свят. Въпреки това, наследството на Акацуки продължава да живее и остава символ на опасностите от екстремизма.