* Версия на играта: Различните игри имат различни шефове и криви на трудност.
* Ниво на умения на играча: Един опитен играч ще намери някои шефове по-лесно от други, независимо от общата трудност.
* Състав на отбора: Силните и слабите страни на вашия отбор Pokemon ще повлияят драстично на това как се справяте срещу определени босове.
Някои шефове обаче постоянно се споменават като особено трудни предизвикателства:
От основната серия (червено, синьо, спасителен екип и т.н.):
* Darkrai (Супер мистериозно подземие): Известен със своите мощни атаки от тъмен тип и способността да манипулира бойното поле, Darkrai е страхотно предизвикателство.
* Groudon/Kyogre (Explorers of Time/Darkness/Sky): Тези легендарни покемони са мощни в съответните си видове и могат да бъдат непосилни за неподготвени отбори.
* Mewtwo (Портите към безкрайността): Mewtwo е мощен покемон от психически тип, известен с високата си сила на атака и способността да научава широк набор от движения.
* Rayquaza (Super Mystery Dungeon): Мощен дракон/летящ тип с високи статистики и достъп до увреждащи движения, Rayquaza е труден противник дори за опитни играчи.
* Giratina (Супер мистериозно подземие): Този легендарен покемон е известен със своите високи статистики и достъп до увреждащи движения, което го прави предизвикателство за много играчи.
От допълнителните игри (Mystery Dungeon:Rescue Team DX и др.):
* Великият крал (Спасителен екип DX): Този бос е гигантски, многоглав звяр с мощни атаки и огромен запас от здраве, което го прави истински тест за издръжливост.
* The Darkness (Rescue Team DX): Това мистериозно, сенчесто същество е страхотен противник, който предизвиква разбирането на играча за механиката на играта и изисква добре подготвен отбор.
В крайна сметка най-трудният бос за вас ще зависи от индивидуалния ви опит и стил на игра. Въпреки това, шефовете, споменати по-горе, обикновено се смятат за едни от най-трудните в поредицата, предлагайки истинско предизвикателство дори за опитни играчи на Pokemon Mystery Dungeon.