Тембърът на флейтата се определя от редица фактори, включително материалите, използвани за направата на инструмента, дизайна на инструмента и начина, по който се свири. Флейтите обикновено са направени от дърво или метал, а различните материали произвеждат различни тембри. Дървените флейти имат по-топъл и по-мек звук, докато металните флейти имат по-ярък и проникващ звук. Дизайнът на флейтата също влияе върху нейния тембър. Например флейтите с по-голям отвор имат по-тъмен и по-резонансен звук, докато флейтите с по-малък отвор имат по-ярък и по-фокусиран звук. Начинът, по който се свири на флейта, също влияе върху нейния тембър. Например, играчите могат да използват различни амбушюри (начина, по който оформят устните си), за да издават различни звуци. Играчите могат също така да използват различни артикулационни техники (начина, по който започват и спират нотите), за да произведат различни ефекти.
Тембърът на флейтата е важна част от нейната музикална идентичност. Това е, което придава на флейтата уникалния й звук и което я прави толкова универсален инструмент. Флейтите се използват в голямо разнообразие от музикални жанрове, от класика до джаз и рок.