Разграждане на органични материали: Музикалните инструменти и други предмети, свързани с музиката, като барабани, флейти и дрънкалки, често са направени от органични материали, които се разлагат с времето. Това затруднява намирането и изучаването на тези артефакти.
Културни промени и миграции: Тъй като културите се развиват и мигрират, техните музикални традиции също се променят. Това затруднява проследяването на развитието на музиката във времето, особено когато липсват писмени записи.
Ограничения на археологическите доказателства: Археологическите разкопки могат да дадат известна представа за музикалните практики на ранните култури, като например откриването на музикални инструменти или изображения на музиканти в изкуството. Въпреки това, тези открития може да са фрагментарни и може да не предоставят пълна картина на техните музикални традиции.
Субективни интерпретации: Когато тълкуват археологически доказателства или исторически разкази, изследователите могат да направят субективни преценки относно смисъла и значението на тези открития. Това може да доведе до различни интерпретации и разногласия сред учените.
Секретност и изключителност: Някои музикални практики може да са били пазени в тайна или ограничени до определени групи хора в обществото, което затруднява външните лица да научат за тях.