Petrucci използва китари Ernie Ball Music Man от началото на 90-те години на миналия век и неговите характерни модели са сред най-популярните китари в света. Неговите характерни модели включват John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR и John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci също използва китари Ibanez през 80-те и началото на 90-те години. Най-известната му китара Ibanez е Ibanez RG550, която използва в първите два албума на Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci също е използвал Fender Stratocaster китари понякога, особено за чисти и блус тонове.