1. Съберете седемте изумруда на хаоса: Те са разпръснати из нивата на играта и имате нужда от всички, за да стигнете до последната битка.
2. Изправете се срещу Dark Gaia в края на играта: След като съберете всичките седем Изумруда на Хаоса, ще се изправите срещу Тъмната Гая в истинската й форма, масивен, многоглав звяр.
3. Използвайте силата на Chaos Emeralds: Ще използвате комбинираната сила на Изумрудите, за да пречистите Тъмната Гая. Това включва използването на формата "Super Sonic", която се отключва чрез събиране на всичките седем Chaos Emeralds.
4. Извършете пречистването: Докато сте във форма на Super Sonic, вие ще отприщите мощна атака срещу Dark Gaia. Тази атака не убива Dark Gaia, а вместо това я пречиства, възстановявайки баланса на света и връщайки го в първоначалната му форма.
Историята на играта се фокусира върху идеята за възстановяване а не директно убийство. Тъмната Гая, макар и разрушителна, в крайна сметка е част от баланса на света и целта е да се върне на полагащото й се място.