1. Dialga ще освободи Time Gears, които е погълнал, възстановявайки потока на времето до нормалното.
2. Играчът и неговият партньор ще се върнат в Treasure Town.
3. Dialga ще се появи и ще обясни на играча и неговия партньор, че неговите действия са били необходими, за да предотврати по-голяма катастрофа. Той разкрива, че сила, известна като "Тъмната материя", манипулира времето и причинява различни изкривявания и проблеми в света.
4. Dialga натоварва играча и неговия партньор със задачата да спрат Dark Matter.
5. След този разговор историята ще продължи с играча и техния партньор, които изследват подземия, бият се с покемони и набират нови членове на екипа, докато работят, за да разкрият истината зад Тъмната материя и да сложат край на нейните престъпни планове.