Историята на играта се върти около "Eggman Empire," група роботи и чудовища, контролирани от д-р Егман. Тази империя се състои от различни „миньони на Егман“, всеки с уникални способности и външност.
Докато някои от тези миньони, като „Пешка с яйца“ и "Яйчен стършел" are familiar, others are more mysterious. Най-често наричаните "мистериозни чудовища" включват:
* "Яйце Цербер": Триглав робот, подобен на куче, с мощна бормашина.
* "Egg Golem": Масивен, бавно движещ се робот с голям чук.
* "Egg King": A giant, throne-like robot with powerful lasers.
Това са само няколко примера и много други уникални и неназовани роботи и чудовища се появяват в играта, добавяйки към мистерията и интригата.
И така, макар да няма нито едно „мистериозно чудовище“, колективното присъствие на тези уникални и интригуващи герои допринася за завладяващата и мистериозна атмосфера на Sonic Heroes.