Има две основни камери:
* The Shadow Chamber: Това е мястото, където се изправяте срещу Shadow Pokémon за първи път. Трябва да се борите с тях, за да ги пречистите.
* Стаята на мрака: Това е последната стая, където се изправяте срещу последния бос, лидерът на Shadow Pokémon. Достъпен е след изпълнение на определени задачи и пречистване на няколко Shadow Pokémon.
Точното местоположение в Shadow Pokémon Facility не е посочено в играта, но обикновено се намира по-дълбоко в съоръжението, след като преминете през историята.