* 1567: След смъртта на съпруга си, лорд Дарнли, и брака й с граф Ботуел, Мери беше принудена да абдикира от шотландския трон и затворена в замъка Лохлевен .
* 1568: Тя избяга от замъка Лохлевен, но беше победена в битката при Лангсайд и избяга в Англия, където беше затворена до края на живота си. Първоначално тя е държана в замъка Карлайл.
* 1568-1572: Тя беше преместена в замъка Болтън и след това в замъка Шефилд.
* 1572-1587: Мери е преместена в замъка Тутбъри, имението Уингфийлд, Ковънтри, къщата Чатсуърт и накрая в замъка Фатерингхей, където е съдена и екзекутирана през 1587 г.
Важно е да се отбележи, че тя не винаги е била държана в тежки условия. Някои от нейните затвори бяха по-удобни от други, в зависимост от местоположението и политическия климат. Тя обаче винаги е била под строга охрана и така и не успява да си върне свободата.