Сюжетът на филма се фокусира върху откриването на Ковчега, скрит космически кораб, съдържащ мощно оръжие, и последвалата битка срещу десептиконите. Човешките герои са съсредоточени най-вече върху Сам Уитуики (Шайа Лабьоф) и новата му приятелка Карли Спенсър (Роузи Хънтингтън-Уайтли).
Въпреки че официалната причина за отсъствието на Меган Фокс не беше обявена публично, широко се смята, че напускането й се дължи на творчески различия с режисьора Майкъл Бей. Съобщава се, че е имало напрежение между Fox и Bay по време на продукцията на Transformers:Revenge of the Fallen (2009).
Въпреки отсъствието й, съдбата на Микаела не се разглежда изрично във филма. Подразбира се, че тя и Сам са се разделили.