Arsenal Gear е масивна подводница, въоръжена с ядрени оръжия. Той се контролира от Solidus Snake, лидер на Синовете на свободата, терористична организация. Raiden, персонажът на играча, трябва да проникне в Arsenal Gear и да попречи на Solidus да използва ядрените оръжия.
Битката със Solidus е вълнуваща и предизвикателна битка. Solidus е мощен противник и той използва различни оръжия и техники, за да победи Raiden. Raiden трябва да използва всичките си умения и способности, за да победи Solidus и да спаси света.
Унищожаването на Arsenal Gear и последната битка със Solidus Snake е незабравим момент, защото е повратна точка в играта. Това е моментът, в който Raiden най-накрая побеждава враговете си и спасява света. Това също е момент на голям катарзис, тъй като Raiden най-накрая получава отмъщение за смъртта на родителите си.