Актът на изчезване се приписва на появата на мистериозна сенчеста фигура, известна като "Даркрай", за която се смята, че е отговорна за изчезващия покемон. Истинската причина за акта на изчезване обаче остава загадка и Pokémon Rangers са натоварени със задачата да разследват и разкрият истината зад това необикновено събитие.