През 1989 г. Кристиан Брандо влиза в съда в Лос Анджелис, за да се изправи срещу обвинение в убийство. Той беше съден и осъден за побой над Даг Дролет до смърт през 1990 г. и беше осъден на 10 години затвор. Дролет беше гадже на полусестрата на Брандо Шайен.
След присъдата за убийство животът на Брандо продължава да се спуска по спирала към злоупотреба с наркотици и самоунищожение. Той остава в затвора до 1996 г., когато е освободен предсрочно след по-малко от половината от 10-годишната си присъда.
През януари 2005 г. Брандо е арестуван отново, този път за предполагаема кражба на бижута на стойност 2 милиона долара от собствената му майка. По-късно обвиненията срещу него бяха отхвърлени.
В края на 2006 г. Кристиан Брандо беше хоспитализиран след претърпяна белодробна инфекция. Впоследствие той е диагностициран с пневмония и е преместен в медицинския център на UCLA в Лос Анджелис, Калифорния.
Кристиан Брандо почина на 26 януари 2008 г. в медицинския център на UCLA на 49 години. Причината за смъртта е пневмония и усложнения от чернодробна недостатъчност.
Смъртта на Брандо на 49-годишна възраст бележи тъжен и трагичен край на един живот, който може би е бил изпълнен с толкова много обещания и потенциал. Вместо това, това беше живот, трагично прекъснат от пристрастяване и насилие.