Една от най-очевидните характеристики на пиесата, която повдига въпроси относно религиозната толерантност, е изобразяването на Шайлок, еврейският лихвар. Шайлок е изобразен като жесток и алчен човек, който е обсебен от парите и търси отмъщение срещу Антонио, християнски търговец, който го е обидил. Той въплъщава много от негативните стереотипи, преобладаващи за евреите по времето на Шекспир, и характерът му често е тълкуван като антисемит.
От друга страна, в пиесата има моменти, които предизвикват тези стереотипи и проблематизират идеята за религиозни предразсъдъци. Например, самият Антонио се бори със собствените си предразсъдъци срещу евреите и отношението му към Шайлок показва смесица от презрение и съчувствие. Порша, героинята на пиесата, спори за важността на милостта и прошката и в крайна сметка тя убеждава Шайлок да прояви милост към Антонио. Тази сцена е прочетена от много критици като призив за толерантност и разбиране.
Друга гледна точка за отношението на пиесата към религиозната толерантност е, че тя просто отразява социалните и културни реалности от времето на Шекспир. Антисемитизмът е дълбоко вкоренен в християнското общество на Европа и би било трудно за Шекспир да представи по-толерантен възглед, без да рискува цензура или да отчужди публиката си. Така пиесата може да се разглежда като продукт на своето време, а не като отражение на собствените вярвания на Шекспир.
Като цяло Венецианският търговец е сложна и нюансирана пиеса, която предлага множество гледни точки за религиозната толерантност и предразсъдъците. Въпреки че съдържа някои антисемитски елементи, той представя и моменти на състрадание и разбиране, които усложняват нашето четене на посланието на пиесата. В крайна сметка пиесата приканва публиката да обмисли сложността на религиозните различия и да разгледа критично собствените си предразсъдъци.