Напрежението нараства, докато Томас и приятелите му се изправят пред най-големите си предизвикателства досега. Те трябва да се придвижват през коварните коридори на лабиринта, докато са преследвани от безмилостните Гривъри, механични същества, които бродят из лабиринта и представляват смъртоносна заплаха. Кулминацията достига своя връх, когато Томас се изправя срещу създателя на лабиринта, Ава Пейдж, и поставя под въпрос морала и мотивите зад експеримента на WCKD.
В разгара на хаоса и опасността Томас и Глейдърс разкриват тайните зад Лабиринта и причините за тяхното затваряне. Те се примиряват с жертвите, които трябва да направят, за да се освободят и да разкрият истината за намеренията на WCKD.
Кулминацията на „Бегащият в лабиринта“ е белязана от интензивни екшън поредици, емоционални сблъсъци и разкрития, които променят хода на историята и подготвят сцената за развитието на събитията в следващите книги от поредицата.