* Невинност и невежество: Наивността на Бруно е централна за романа. Той не разбира истинската природа на концентрационния лагер или опасността, която представлява. Тази невинност подчертава яркия контраст между света на Бруно и реалността на Холокоста.
* Приятелство и връзка: Приятелството на Бруно с Шмуел, момче от другата страна на оградата, надхвърля бариерите на предразсъдъците и страха. Тяхната връзка показва силата на човешката връзка в лицето на бедствието.
* Опасностите от сляпото подчинение: Бащата на Бруно, високопоставен нацистки офицер, представя опасностите от безпрекословното подчинение на властта. Той е съучастник в ужасите на Холокоста, дори и да не осъзнава напълно техния мащаб.
* Природата на предразсъдъците и дискриминацията: Романът разкрива опустошителните последици от предразсъдъците и дискриминацията. Първоначалният страх на Бруно от „хората в раирани пижами“ произтича от пропагандата и дезинформацията, на които е бил изложен.
* Силата на емпатията и състраданието: Въпреки първоначалния си страх и невежество, Бруно развива емпатия към Шмуел и другите затворници. Тази емпатия предизвиква дехуманизиращите идеологии на нацисткия режим.
* Загуба на детството: Загубата на невинност на Бруно и травмата, която преживява, представляват загубата на детството, която са претърпели безброй деца по време на Холокоста.
* Въздействието на Холокоста върху семействата: Романът подчертава опустошителното въздействие на Холокоста върху семействата, както еврейски, така и нееврейски. Семейството на Бруно е разкъсано от войната, а семейството на Шмуел е унищожено от нацисткия режим.
„Момчето в раираната пижама“ използва невинната гледна точка на Бруно, за да разкрие мрачните реалности на Холокоста и да повдигне важни въпроси за човешката природа, предразсъдъците и силата на емпатията и състраданието.