Чайковски почина на 6 ноември 1893 г. (25 октомври по стария руски юлиански календар) от холера, която беше сериозен проблем за общественото здраве тогава и можеше да се разпространи бързо, ако заразената вода се консумира несъзнателно. Въпреки че това може да изглежда "необичайно" за мнозина днес, огнищата на холера не са били особено необичайни по това време.
По това време около Санкт Петербург (днешен Ленинград в Русия), където е живял Чайковски, е избухнала епидемия от холера. За съжаление той се зарази с бактерията, която се отрази сериозно на здравето му в продължение на няколко дни, което в крайна сметка допринесе за смъртта му.
За да се предотвратят спекулации и противоречия по-късно, диагнозата от лекарите посочва вероятна инфекция от замърсена вода или непреварена храна, която Чайковски може да е консумирал по невнимание. Не съществуват необичайни теории за неговата смърт, освен болестта му, довела до смърт.