Конфликтът в историята набляга на емоциите, отмъщението и взаимодействието между обществените предразсъдъци и вътрешната борба, вместо да изследва взаимодействието между човечеството и природата. Освен това, тъй като повечето от събитията се случват в границите на Palais Garnier, природните елементи не са особено подчертани в тази сюжетна линия. Следователно няма конфликт между човечеството и природата, който да движи разказа във „Фантомът от операта“.