В романа Фантомът е деформиран човек, който носи маска, за да скрие лицето си. Той живее в катакомбите под операта и използва своя музикален гений, за да контролира оперните певци и сценичните работници. Фантомът се влюбва в младо сопрано на име Кристин Даае и става обсебен от нея. Той я отвлича и я отвежда в леговището си в катакомбите. В крайна сметка Кристин успява да избяга от Фантома, който изчезва в нощта.
Съдбата на Фантома остава двусмислена в романа. В оригиналната френска версия на романа се казва, че Фантомът се е обесил в катакомбите. В английския превод обаче се казва, че Фантомът е изчезнал в канализацията на Париж.