В Pokémon Crystal пътувате между градове, като използвате различни методи:
* Ходене: Най-често срещаният метод, особено в началото на играта.
* Колоездене: Предлага се, след като получите велосипед от Велосипедния път в Goldenrod City.
* Лодка: Използва се за пътуване между определени градове, като от New Bark Town до Violet City.
* Влак: Използва се за пътуване до определени градове, като от Goldenrod City до Ecruteak City. Купувате билети за влак, за да пътувате, но няма специален „железопътен пропуск“.
Играта няма система за железопътни пропуски като някои по-късни игри на Pokemon, като Pokemon Diamond, Pearl и Platinum.