* Légion d'honneur (Орден на Почетния легион) , най-високият френски орден за заслуги, му е присъден през 1878 и 1881 г.
* Медалът Копли (1874) , една от най-старите и престижни научни награди на Кралското общество в Лондон.
* Медалът Алберт (1882) , присъдена от Кралското общество на изкуствата като признание за изключителния му принос към науката и технологиите.
* Избран е и в няколко престижни академии , включително Френската академия на науките, Лондонското кралско общество и Академията Франсез.
Това са само малка част от многото награди и отличия, които Луи Пастьор получава през цялата си кариера. Той е смятан за един от най-важните учени на всички времена и работата му е оказала дълбоко въздействие върху човешкото здраве и благополучие.