Научни отличия:
* Медал на Копли (1874) :Награден от Лондонското кралско общество, една от най-престижните научни награди в света, за работата си върху ферментацията и теорията за зародишите на болестта.
* Медал Ръмфорд (1874) :Награден от Кралското общество на Лондон за изследванията си върху поляризацията на светлината и нейните приложения.
* Медал Алберт (1881) :Награден от Кралското общество на изкуствата за приноса му към общественото здраве и превенцията на болестите.
* Кавалер на Ордена на почетния легион (1853) :Престижно френско отличие, присъждано на личности със значителен принос за нацията.
* Големият кръст на Почетния легион (1881) :Най-високият ранг на Почетния легион, признаващ изключителните постижения на Пастьор.
* Член на Френската академия на науките (1862) :Едно от най-високите научни отличия във Франция.
* Чуждестранен член на Кралското общество (1869) :Чест за признаване на приноса му към науката извън Обединеното кралство.
Други награди:
* Награда на Френската академия на науките (1856) :Награден за работата си върху ферментацията.
* Награда на Парижката академия на науките (1862) :Награден за работата си върху зародишната теория на болестите.
В допълнение към тези специфични награди, Пастьор получава и множество други отличия и признания през цялата си кариера, затвърждавайки наследството си като един от най-влиятелните учени на 19 век.