1. Кавалер на Ордена на Короната на Италия :През 1889 г. италианският крал Умберто I удостоява Флаглер с титлата кавалер на Ордена на короната на Италия. Тази престижна награда му беше присъдена като признание за приноса му към развитието на туризма във Флорида.
2. Почетният легион :През 1904 г. Флаглер е награден с Ордена на почетния легион, което е най-високото отличие, връчвано от правителството на Франция. Тази чест бе дадена на Флаглер за постиженията му в хотелиерството и приноса му за развитието на Френската Ривиера.
3. Медалът Рузвелт :През 1915 г. Флаглер получава медала на Рузвелт от Националната гражданска федерация, престижна организация, посветена на насърчаването на социални и икономически реформи. Медалът беше присъден като признание за визията, лидерството и филантропията на Flagler.
4. Почетни степени :Флаглер беше признат и от няколко образователни институции за своите постижения. Получава почетни степени от университета Стетсън, колежа Ролинс и университета на Флорида, наред с други. Тези степени признават неговия принос към образованието и неговия ангажимент за напредъка на знанието.
5. Граждански и обществени отличия :В допълнение към тези официални награди, Флаглер е бил почитан и от различни граждански и обществени организации през целия си живот. Той получи множество плакети, сертификати и резолюции, признаващи неговия принос за растежа и развитието на различни региони във Флорида.
Тези награди и отличия отразяват високото уважение, с което Флаглер се е ползвал през живота си. Той беше широко признат за своя визионерски дух, отдадеността му към изграждането на туристическата индустрия на Флорида и филантропските му начинания, които оставиха трайно въздействие върху щата.