Ранна кариера:
* Имало едно време в Америка (1984) :Нейната пробивна роля на младо момиче, което израства като любовница на могъщ мафиотски бос.
* Феномени (1985) :Филм на ужасите, режисиран от Дарио Ардженто, където тя играе телепатично момиче.
* Лабиринт (1986) :Фентъзи филм на Джим Хенсън, където тя играе Сара, младо момиче, което трябва да спаси малкото си братче от крал на гоблини.
По-късна кариера:
* Възможности за кариера (1991) :романтична комедия, в която тя играе млада жена, която се влюбва в срамежлив, непохватен мъж.
* Реквием за една мечта (2000) :Разтърсваща драма за пристрастяването към наркотици, където тя представя млада жена, бореща се със зависимостта към хероин.
* Красив ум (2001) :биографична драма, в която тя играе Алиша Неш, съпруга на брилянтен математик, страдащ от шизофрения. Тази роля й носи Оскар за най-добра поддържаща женска роля.
* Хълк (2003) :Филм за супергерой, в който тя играе Бети Рос, любовта на Брус Банър.
* Тъмна вода (2005) :Психологически трилър, в който тя играе майка, която подозира, че новият й апартамент е обитаван от духове.
* Кървав диамант (2006) :Военна драма, в която тя играе журналистка, която разкрива схема за контрабанда на диаманти.
* He's Just Not That Into You (2009) :романтична комедия, в която тя играе жена, която се опитва да разбере защо приятелят й не й предлага.
* Без прикачени условия (2011) :романтична комедия, в която тя играе лекарка, която има случайна връзка с най-добрия си приятел.
* Денят, в който Земята спря (2008) :Научнофантастичен филм, в който тя играе Хелън Бенсън, учен, който помага на извънземен посетител.
* Алита:Боен ангел (2019) :Научнофантастичен филм, в който тя играе д-р Идо, кибернетик, който намира Алита и й дава ново тяло.
* Top Gun:Maverick (2022) :Продължение на класическия екшън филм, където тя отново играе ролята си на Пени Бенджамин, собственичка на бар и любовница на Маверик.
Това е само малка извадка от обширната филмография на Дженифър Конъли. Нейната работа обхваща жанрове и тя последователно е представяла силни и запомнящи се изпълнения през цялата си кариера.