Реалност срещу илюзия: Централната тема е природата на реалността и дали нашето възприятие за нея е точно. Матрицата представя свят, в който хората несъзнателно са в капан в симулирана реалност, контролирана от машини, поставяйки под въпрос границите между това, което е истинско и това, което се симулира.
Безплатна воля и избор: Филмът изследва идеята за свободната воля и колко лесно може да се манипулира. Героите се борят с последствията от избора си и потенциала както за личното освобождение, така и за обществените промени.
човешкото състояние: Матрицата изследва човешката природа и борбите за оцеляване, идентичност и цел. Той изследва теми за изолация, отчуждение и търсене на смисъл в привидно безсмислен свят.
Технология и контрол: Филмът поражда безпокойство относно потенциалните опасности от напредналите технологии и способността му да контролира и манипулира човечеството. Той предупреждава срещу потенциала машините да станат по -мощни от хората и да доминират в обществото.
Природата на истината: Филмът предизвиква зрителите да поставят под въпрос какво смятат за вярно и да обмислят възможността за алтернативни реалности. Героите са принудени да се изправят срещу собствените си пристрастия и предположения, като в крайна сметка откриват важността на търсенето на истината.
Силата на вярата: Матрицата подчертава значението на отделните вярвания и въздействието, което оказват върху нашето възприятие за реалността. Филмът предполага, че силата на вярата може да се използва за преодоляване на препятствията и постигане на привидно невъзможни цели.
В крайна сметка матрицата е филм, който кани зрителите да мислят критично за света около тях и да поставят под въпрос природата на тяхната собствена реалност.