2. Стационарна фаза :При гел електрофореза стационарната фаза е гел (агароза или полиакриламид), докато при хартиената хроматография стационарната фаза е лист абсорбираща хартия.
3. Разделяне на веществата :Разликата в скоростите на движение през стационарните фази разделя веществата и в двете техники.
4. Визуализацията :След разделянето веществата се визуализират с помощта на подходящи методи за оцветяване или откриване.